בעבר, זרמו בירדן הדרומי מים נקיים. בעשרות השנים האחרונות, מוזרמים לאפיק מי מעיינות מלוחים המוטים למניעת ניקוזם לכינרת, וכן מנוקזים לאפיק שפכים מאגן ההיקוות של הכינרת.
לאורך האפיק נטועים אקליפטוסים מראשית ההתיישבות בעמק הירדן, ובגבול השמורה נמצא אתר ההתיישבות אום-ג'וני, בו היה מקום ההתיישבות הראשון של מייסדי דגניה א' ובית זרע.
מאזור סכר ביתניה ודרומה, שרדה צמחיית גדות מפותחת, בעיקר קנה מצוי.
ממערב לקיבוץ בית זרע נמצא תל עובדיה, (שיש המזהים אותו עם העיר הכנענית ינועם), המכוסה בצמחיית מעזבה צפופה (בעיקר חרדל השדה), ולצידו נמצא אתר עובדיה – מהאתרים הפרהיסטוריים הקדומים בעולם מחוץ לאפריקה.
כמו כן, נכללים בשמורה אחדים מנפתולי הירדן העליונים, ובהם קירות חוואר מרשימים. הנפתול העיקרי, למרגלות בית-זרע, ניזוק מפעילות להסדרת הניקוז באזור. בתחום השמורה נשפך לירדן נחל יבנאל, נחל איתן ולאורכו שדרת הרדופים נאה.
בקרבת שפך נחל יבנאל, נמצאים שרידי גשר הרוס – ג'יסר א-סיד, שחצה בעבר את הירדן.
סבכי הצמחייה לאורך הירדן משמשים מגוון בעלי חיים, כולל עופות מים שונים.
כיום (2014) מתבצעות באזור עבודות שיקום, ובפרט בנפתול בית זרע. בעתיד ישובו לזרום מים נקיים בקטע שבין הכנרת ובין מנחמיה.